Lorsque Mars atteint une conjonction soit lorsqu'elle se trouve, du fait des orbites combinées de Mars et de la Terre, de l'autre côté du Soleil vu de la Terre -ce qui a lieu aux alentours de tous les 2 ans- cela entraîne des conséquences pour ce qui est des communications avec les deux Twin Rovers. Dans les jours qui suivent et qui précèdent l'alignement, le Soleil peut brouiller les transmissions entre la Terre et Mars. Aussi, la NASA, pour éviter qu'une commande soit corrompue par le Soleil et endommage un vaisseau, ralentit-elle les communications envoyées en direction des vaisseaux martiens qui se trouvent en orbite ou à la surface. La NASA, ainsi, interrompt donc les communications aussi bien pour les Twin Rovers que pour le Mars Reconnaissance Orbiter et le Mars Odyssey. Par contre, l'envoi de données depuis Mars continue pendant une conjonction mais à un taux beaucoup plus bas. En effet, même si les données peuvent être corrompues par le Soleil lors de la transmission, ce sens-là des communications ne risque pas de causer un quelconque dommage à un vaisseau
Le Mars Reconnaissance Orbiter, lors de la conjonction de 2011, par exemple, va réduire ses observations de la surface d'une part parce qu'il ne pourra pas transmettre autant de données que d'habitude et, d'autre part, parce qu'il existe aussi une limite en termes de ce qu'il peut stocker à bord en attendant que les transmissions à plein régime reprennent. Le rover Opportunity, lui, continuera, chaque jour, d'envoyer des données à destination du Mars Odyssey, qui les relaiera. Aussi un plus petit volume de données en provenance d'Opportunity viendra de Mars et aucune données ne sera transmise pendant les 4 jours les plus rapprochés de la conjonction. L'équipe des rovers a mis au point un ensemble de commandes qui vont être envoyées à l'avance au rover Opportunity de sorte qu'il puisse continuer ses activités scientifiques pendant l'interruption ou le ralentissement des communications avec Mars
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